Élevé par un sorcier mystérieux après la mort de ses parents dans un incendie catastrophique, Shirou Emiya commence tout juste à s’initier aux rudiments de la magie. Mais lorsqu’il se retrouve pris au piège d’un combat entre deux puissants mages, il finit par lancer un sort dépassant ses capacités, invoquant par inadvertance une belle chevalière venue le protéger.
Shirou se retrouve ainsi entraîné malgré lui dans la compétition connue sous le nom de Guerre du Saint Graal, où sept mages appelés Maîtres, accompagnés de leurs partenaires spirituels appelés Servants, s’affrontent pour s’emparer d’un puissant artefact censé exaucer tous les vœux.