La ville japonaise fictive de Sugomori a été construite sur des terres gagnées sur la mer. Mais au fil des ans, la population de la ville diminue. Un jour, Sonosaki annonce à son camarade de classe Katsuhira : « Tu as été sélectionné pour devenir un Kiznaiver. » Le système Kizuna, qui permet à Katsuhira de partager ses blessures, le relie à des camarades de classe dont la vie et la personnalité sont complètement différentes des siennes. Le système Kizuna est un système inachevé destiné à instaurer la paix mondiale, qui relie les gens à travers leurs blessures. Tous ceux qui sont connectés à ce système sont appelés Kiznaivers. Lorsqu’un Kiznaiver est blessé, le système répartit et transmet la blessure aux autres Kiznaivers.