Bienvenue à Neo-Tokyo, ville érigée sur les cendres d’un Tokyo anéanti par une explosion d’origine inconnue qui a déclenché la Troisième Guerre mondiale. La vie de deux adolescents débrouillards, Tetsuo et Kaneda, bascule à jamais lorsque des pouvoirs surnaturels commencent à se manifester chez Tetsuo, faisant de lui la cible d’une agence secrète prête à tout pour empêcher une nouvelle catastrophe semblable à celle qui a rasé Tokyo. Au cœur de la motivation de cette agence se trouve une peur brute et dévorante d'un pouvoir monstrueux et inimaginable, connu uniquement sous le nom d'Akira.