L'histoire commence lorsque Takao Kasuga, un collégien, obtient un F à un contrôle de maths. Mais il ne semble même pas s'en rendre compte, tant il est absorbé par la lecture clandestine des Fleurs du Mal de Baudelaire. Et la journée ne fait qu'empirer à partir de là. Dans un moment de faiblesse, il trouve et ramène chez lui la tenue de sport de la jolie et adorable Nanako Saeki, pour qui il a le béguin. Malheureusement pour Takao, quelqu’un a été témoin du vol : Nakamura, une fille au caractère bien trempé et au penchant sadique.
Au fil de l’histoire, on voit Takao se débattre entre avouer ou dissimuler ses méfaits, tout en essayant de conquérir la fille de ses rêves et d’échapper aux tentatives de chantage de Nakamura, sa nouvelle « meilleure amie ».
Intelligent, drôle et émouvant, The Flowers of Evil met en scène un personnage qui n’est pas un héros, mais simplement un adolescent ordinaire en quête d’amour véritable et d’amitié sincère.
Remarque : comprend 1 chapitre supplémentaire.