Cette partie se déroulera à Morioh-Cho (la même ville que dans la 4e partie : Diamond is Unbreakable), mais dans l’univers alternatif où se déroule Steel Ball Run.
À la suite du grand séisme de l’est du Japon, Morioh a été frappée par d’immenses protubérances de terre que les habitants appellent les « Wall Eyes ». Malgré les enquêtes menées, les experts ne parviennent pas à s’expliquer ce phénomène. Pendant ce temps, la jeune Yasuho Hirose découvre un homme enseveli sous terre, qui porte une tache de naissance distinctive en forme d’étoile ainsi que des marques de morsures profondes. L’homme, qui souffre d’une amnésie totale, est recueilli par une famille locale et reçoit le nom de Jousuke Higashikata. Cependant, les événements mystérieux ne cessent de s’accumuler et bientôt, cette énigme connue sous le nom de « Stands » fait son apparition, venant s’ajouter au grand brouillard de confusion.