Alors même que les papillons prolifèrent de manière inquiétante dans la ville, la rumeur d’une créature mystérieuse rôdant dans le tunnel derrière l’école se répand parmi les enfants. Lorsque le corps de la mère d’Arie Kimura est retrouvé à l’entrée de ce tunnel, à côté de traces apparemment humaines, la légende semble se confirmer. La fin du monde est-elle proche ? Afin d’apaiser la colère de la bête, les enfants décident de lui offrir un sacrifice : la malheureuse Arie, qu’ils croient être la cause de la malédiction, est poussée dans un puits menant au tunnel de Nijigahara — un acte qui, à son tour, fait basculer Komatsuzaki, le voyou en herbe qui est amoureux d’Arie depuis un certain temps déjà, dans la folie.
Mais ce n’est que le début de Nijigahara Holograph, une histoire complexe, difficile et racontée de manière oblique, qui se déroule sur deux lignes temporelles distinctes et met en scène Suzuki, le suicidaire ; Higure, sa petite amie potentielle au comportement de harceleuse ; leur professeure, Mlle Sakaki, dont le visage lourdement bandé reste un mystère ; et bien d’autres encore ― frères, sœurs, parents, collègues, professeurs, agresseurs et victimes qui sont tous inextricablement liés les uns aux autres et qui devront tous, dix ans plus tard, vivre avec ce qu’ils ont fait ou enduré.
Remarque : comprend trois chapitres supplémentaires.