Il y a trente ans, un étrange phénomène appelé « séisme spatial » a dévasté le centre de l'Eurasie, faisant au moins 150 millions de victimes. Depuis lors, des séismes spatiaux de moindre ampleur frappent le monde de manière sporadique. Shidou Itsuka, un lycéen en apparence ordinaire, rencontre une mystérieuse jeune fille au point d'impact d'un séisme spatial et apprend de sa sœur Kotori qu'elle fait partie des « Esprits », véritables responsables des séismes spatiaux qui se produisent lorsqu'ils se manifestent dans le monde. Il apprend également que Kotori est la capitaine du dirigeable Ratatoskr et qu’elle le recrute pour mettre à profit son étrange capacité à sceller les pouvoirs des Esprits et à les empêcher de constituer une menace pour l’humanité. Cependant, il y a une condition : pour sceller un Esprit, il doit la faire tomber amoureuse de lui.