Yato, un dieu mineur, traverse une mauvaise passe. Lassée de son mode de vie nonchalant, sa partenaire le quitte sans crier gare. Il n’a ni argent, ni fidèles, ni sanctuaire où se réfugier. Mais alors que la situation semble désespérée, un accident de bus le fait croiser le chemin de Hiyori Iki, une lycéenne douce et pleine d’entrain. Depuis l'accident, l'âme de Hiyori a la fâcheuse habitude de s'échapper de son corps, et après avoir demandé l'aide de Yato pour revenir à la normale, elle commence à plonger dans le monde des esprits et des dieux.
Mais Hiyori n'est pas la seule à surveiller Yato. Un dieu du passé de Yato est de retour, et il n'est pas là pour une réunion amicale.