Depuis le meurtre de son père, Ryuuko Matoi parcourt le pays à la recherche de son assassin. Suivant sa seule piste — la moitié manquante de l’invention de son père, la « Scissor Blade » —, elle arrive à la prestigieuse Académie Honnouji, un lycée qui ne ressemble à aucun autre. L'académie est dirigée par Satsuki Kiryuuin, la présidente du conseil des élèves, une jeune fille imposante et au cœur de glace, aux côtés de ses puissants subordonnés, les « Elite Four ». Dans la hiérarchie brutalement compétitive de l'école, Satsuki accorde à celles qui occupent les échelons supérieurs des vêtements spéciaux appelés « Goku Uniforms », qui confèrent à celles qui les portent des capacités surhumaines uniques.