Alors que le monde est en pleine révolution industrielle, un monstre fait son apparition : il ne peut être vaincu que si l'on transperce son cœur, protégé par une couche de fer. En infectant les humains par sa morsure, le monstre peut créer des créatures agressives et mortes-vivantes appelées « Kabane ». Sur l'île d'Hinomoto, située à l'extrême est, les habitants ont construit des gares pour se mettre à l'abri de ces créatures. Les gens accèdent aux stations et transportent des marchandises entre elles à l’aide d’une locomotive à vapeur appelée Hayajiro. Ikoma, un garçon qui vit à la station d’Aragane et aide à construire Hayajiro, fabrique sa propre arme, appelée Tsuranukizutsu, afin de vaincre ces créatures. Un jour, alors qu’il attend l’occasion d’utiliser son arme, il rencontre une jeune fille nommée Mumei, qui a été dispensée de l’inspection obligatoire des Kabane. Pendant la nuit, Ikoma retrouve Mumei alors qu’il voit Hayajiro devenir incontrôlable. Le personnel de la locomotive s’est transformé en créatures. La gare, désormais attaquée par les Kabane, est l’occasion qu’Ikoma attendait.