Le championnat Interhigh enfin terminé, l'équipe de basket-ball de Seirin se remet au travail et s'entraîne plus dur que jamais pour avoir la chance de participer à la Winter Cup. Kuroko et Kagami voient tous deux de vieux amis refaire surface dans leur vie, ce qui leur pose des défis tant sur le terrain qu'en dehors.
Alors que de nouvelles compétences se développent et que de nouvelles alliances se forment, des adversaires issus de différentes équipes — des géants du basket-ball lycéen tels que Yousen, Shuutoku et Touou — se dressent sur le chemin de Seirin, qui tente sans relâche d’atteindre le sommet. Toutes ces écoles s’avèrent être des adversaires redoutables dont les capacités progressent de manière exponentielle, tandis que Kuroko peine à trouver un équilibre entre sa détermination à jouer en équipe et son désir de gagner.
Avec des blessures anciennes qui se rouvrent, de nouveaux défis à relever sur le terrain et une nouvelle vague d’adversaires — les « Rois sans couronne » — jurant de vaincre les nouveaux espoirs, Seirin parviendra-t-il un jour à réaliser son rêve de battre la Génération des Miracles ?