À une époque où la magie est en déclin dans la société, Atsuko Kagari est une jeune fille pleine d’entrain qui intègre l’Académie Luna Nova afin de réaliser son rêve : devenir sorcière, à l’image de son idole, Shiny Chariot. Shiny est une sorcière célèbre qui a disparu de la scène publique il y a de nombreuses années. Sur le chemin de l'école, Kagari rencontre la gentille Lotte Yanson et la malicieuse Sucy Manbavaran, et les trois deviennent amies en partageant une chambre sur le campus. À l'académie, Atsuko se rend vite compte qu'elle est sérieusement désavantagée par rapport aux autres filles, car elle ne vient pas d'une famille de sorciers et doit apprendre le programme de magie à partir de zéro. Après avoir trouvé un objet ayant appartenu à Chariot, Atsuko doit découvrir comment activer et utiliser correctement la mystérieuse Baguette de Shiny, dans l'espoir que cela lui permette de découvrir ce qui est réellement arrivé à son idole disparue.