Naruto Uzumaki, un ninja hyperactif et un peu tête de mule, vit à Konohagakure, le village de la Feuille Cachée. Quelques instants avant sa naissance, un énorme démon connu sous le nom de Kyuubi, le Renard à neuf queues, a attaqué Konohagakure et y a semé le chaos. Afin de mettre un terme aux ravages du Kyuubi, le chef du village, le 4e Hokage, a sacrifié sa vie et a scellé la bête monstrueuse à l'intérieur du nouveau-né Naruto.
Rejeté à cause de la présence du Kyuubi en lui, Naruto a du mal à trouver sa place dans le village. Il s'efforce de devenir le Hokage de Konohagakure, et il rencontre de nombreux amis et ennemis en chemin.