L'histoire se déroule en 2138, à une époque où les jeux en réalité virtuelle connaissent un essor fulgurant. Yggdrasil, un jeu en ligne très populaire, est soudainement fermé un jour. Cependant, le protagoniste, Momonga, décide de ne pas se déconnecter. Momonga se retrouve alors transformé en squelette, sous les traits du « sorcier le plus puissant ». Le monde continue d’évoluer, et les personnages non-joueurs (PNJ) commencent à ressentir des émotions. N’ayant ni parents, ni amis, ni place dans la société, ce jeune homme ordinaire qu’est Momonga s’efforce alors de prendre le contrôle du nouveau monde que le jeu est devenu.