À la suite d'une apparition soudaine de pouvoirs psychokinétiques chez 0,1 % de la population, une transformation rapide a balayé le monde. Cette capacité quasi divine de manipuler la matière à distance a poussé de nombreux détenteurs de pouvoirs à la violence, déclenchant une longue période de troubles. Finalement, après une ère chaotique marquée par l'ascension et la chute de régimes oppressifs, les humains dotés de pouvoirs psychiques ont réussi à instaurer une paix fragile en isolant leur société, créant ainsi un nouveau monde régi par des règles complexes.
Dans la ville de Kamisu 66, Saki Watanabe, 12 ans, vient de découvrir ses pouvoirs et est soulagée de retrouver ses amis — le malicieux Satoru Asahina, le timide Mamoru Itou, la joyeuse Maria Akizuki et Shun Aonuma, un garçon mystérieux que Saki admire — à la Sage Academy, une école spéciale pour médiums. Cependant, un sentiment de malaise s'installe lorsque Saki commence à s'interroger sur le sort de ceux qui ne parviennent pas à éveiller leurs pouvoirs, et que les enfants se retrouvent mêlés à des affaires secrètes, telles que la rumeur des « Chats corrompus » qui enlèveraient des enfants.
Shinsekai yori raconte l’histoire unique du passage à l’âge adulte de Saki et de ses amis, alors qu’ils s’efforcent d’assumer leurs rôles dans cette prétendue utopie. Accepter ces rôles pourrait toutefois s’avérer difficile face aux vérités sombres et choquantes de la société, et au chaos imminent né de ce nouveau monde.