Kirito, Eugeo et Alice. Six mois se sont écoulés depuis que les deux disciples et un Chevalier de l’Intégrité ont vaincu le pontife, l’Administrateur. Les combats étant terminés, Alice vit désormais dans son village natal, Rulid. À ses côtés se trouve Kirito, qui a perdu non seulement son bras et son âme, mais aussi son cher ami. Alors qu'Alice se consacre entièrement à prendre soin de Kirito, elle a elle aussi perdu la volonté de se battre qu'elle avait autrefois en tant que chevalier.
Néanmoins, l'heure du test de résistance final – celui qui plongera tout le monde souterrain dans la tragédie – approche inexorablement.
Pendant ce temps, dans les profondeurs du Territoire des Ténèbres, le Dieu des Ténèbres Vecta est ressuscité, comme s'il avait attendu ce moment précis. À la tête d’une armée de forces obscures, il entame son invasion de l’empire humain dans l’espoir de s’emparer de la Prêtresse de la Lumière. Les forces de l’empire humain, menées par le Chevalier de l’Intégrité Bercouli, se préparent à une guerre d’une ampleur inimaginable contre l’armée du Territoire des Ténèbres. Même alors, Alice est introuvable, tout comme les deux héros qui ont sauvé le royaume…