Ryuuji Takasu est un lycéen au caractère doux qui adore les tâches ménagères ; mais contrairement à sa nature bienveillante, son air intimidant lui vaut souvent d’être pris pour un délinquant. De son côté, Taiga Aisaka est une élève menue, aux allures de poupée, qui est tout sauf une jeune fille mignonne et fragile. Armée d’un katana en bois et dotée d’un tempérament fougueux, Taiga est connue dans toute l’école sous le nom de « Palmtop Tiger ».
Un jour, une erreur embarrassante fait se croiser le chemin de ces deux élèves. Ryuuji découvre que Taiga a en réalité un côté doux : elle a le béguin pour le vice-président très populaire, Yuusaku Kitamura, qui se trouve être son meilleur ami. Mais les choses ne font que s’embrouiller davantage lorsque Ryuuji révèle qu’il a le béguin pour Minori Kushieda… la meilleure amie de Taiga !
Toradora! est une comédie romantique qui suit ce duo insolite alors qu'ils se lancent dans une quête pour s'entraider avec leurs coups de cœur respectifs, formant ainsi une alliance improbable.