Peint en rouge, le mot « VON » est tout ce qui reste après un attentat terroriste contre une centrale nucléaire au Japon. Le gouvernement est paralysé par son incapacité à agir, et la police cherche désespérément des moyens de mettre la main sur les auteurs. Le public est dans le flou… jusqu’à ce que, six mois plus tard, une étrange vidéo fasse son apparition sur Internet. On y voit deux adolescents qui se font appeler « Sphinx » et qui défient ouvertement la police, menaçant de semer la destruction et le chaos à travers Tokyo. Incapable d’endiguer la panique générale qui se propage rapidement dans la ville et désespérée de trouver le moindre indice pour son enquête, la police peine à agir efficacement contre ces terroristes, tandis que l’inspecteur Kenjirou Shibazaki se retrouve pris au milieu de tout cela.
Zankyou no Terror raconte l’histoire de Nine et Twelve, les deux garçons qui se cachent derrière les masques de Sphinx. Ils ne devraient pas exister, et pourtant ils se dressent, inébranlables, dans un monde de tromperies et de secrets, tandis qu’ils font s’effondrer la ville autour d’eux, tout cela dans l’espoir d’enterrer leur propre tragique vérité.