Sous le prétexte d’un « voyage d’étude », un groupe d’élèves du collège Shiroiwa, situé dans la ville fictive de Shiroiwa (préfecture de Kagawa), est asphyxié par des gaz dans un bus. Ils se réveillent à l’École de l’île d’Okishima, sur Okishima, une île isolée et évacuée. Ils apprennent qu’ils ont été placés dans un événement appelé « le Programme ». Selon les règles, chaque année depuis 1947, 42 lycéens de troisième année sont isolés, et chaque élève doit se battre à mort jusqu’à ce qu’il n’en reste plus qu’un. Leurs mouvements sont suivis par des colliers métalliques qu’ils portent autour du cou, qui contiennent des dispositifs de localisation et d’écoute ; si un élève tente de s’échapper du Programme ou pénètre dans des zones déclarées interdites, une bombe explosera dans le collier, tuant celui qui le porte. Si personne ne meurt dans un délai de 24 heures, il n'y aura pas de vainqueur et tous les colliers exploseront simultanément.
Remarque : la version TokyoPop a été largement réécrite par Keith Giffen, ce qui a fini par entraîner des contradictions et des incohérences dans l'intrigue des derniers tomes. TokyoPop a réédité la série en 5 volumes omnibus sous le titre « Battle Royale : Ultimate Edition » entre le 16 octobre 2007 et le 10 février 2009.