L'histoire met en scène des mutants humains appelés « diclonii », qui naissent avec des cornes sur la tête et possèdent des pouvoirs télékinétiques, sous la forme de « bras » invisibles appelés vecteurs. La puissance de ces bras varie, mais ils peuvent arrêter les balles ordinaires et en dévier certaines autres. Leur nombre diffère d'un diclonii à l'autre, tout comme leur portée totale.
La propension à la violence chez les diclonii est élevée, surtout à mesure qu’ils vieillissent. Enfants, leur violence découle d’une certaine espièglerie, contrairement à la haine absolue qu’ils éprouvent envers les humains à l’âge adulte. Les diclonii sont rares, car ce sont les seuls membres de leur espèce capables de se reproduire naturellement.
Les silpelits sont plus courants. Ce sont les descendants de deux humains, dont l’homme a été infecté par la mutation. Il est intéressant de noter que seuls les hommes peuvent transmettre ces gènes, et que tous les diclonii et silpelits s’avèrent être des femmes. Certains scientifiques ont remarqué une augmentation du nombre de bébés nés avec des cornes, ainsi que des cas d’enfants assassinant leurs propres parents et d’autres personnes, et ont tenté de contenir la propagation et d’en découvrir la cause en les plaçant dans un centre, dans des cellules où ils sont soumis à des expériences inhumaines visant à tester leurs capacités ou où ils attendent leur exécution pour cause de dangerosité.
Le personnage principal non mutant de l'histoire est Kouta, qui finit par s'impliquer de plus en plus avec une diclonius en particulier, le personnage mutant principal Lucy, la seule diclonius pure, alors qu'elle cherche un moyen d'infecter ou de tuer toute l'humanité. Lucy a un passé cruel et troublant, et elle a depuis longtemps perdu toute empathie pour les humains, à l'exception de Kouta.
Cependant, le directeur Kakuzawa, qui a des ancêtres diclonius bien qu'il ne possède pas les vecteurs, a l'intention de s'accoupler avec Lucy et de fonder une véritable race de diclonius. Si Lucy est retrouvée et qu'il parvient à mener son projet à bien, l'humanité disparaîtra.
Les vies de Kouta et Lucy sont étroitement liées depuis leur enfance, mais pas nécessairement dans le bon sens du terme. Et une fois que le virus se sera propagé par voie aérienne à travers tout le Japon, quel sera le sort de l'humanité et qui détient toutes les réponses ?
Remarque : le nombre de chapitres comprend 6 bonus.