La deuxième saison d’Ansatsu Kyoushitsu.
Les élèves font leur retour à l’école pour le deuxième semestre. Après leurs exploits sur l’île pendant les vacances d’été, les élèves de la classe 3-E continuent d’aiguiser leurs lames, avec pour cible leur professeur, l’insaisissable Koro-sensei. Mais ils ont bien d’autres soucis que leur professeur, car des assassins ennemis, anciens comme nouveaux, sont à la recherche de la prime augmentée mise sur la tête de la pieuvre.
De plus, leurs rivaux de la classe A, ainsi que le redoutable proviseur du collège Kunugigaoka, sont prêts à tout pour empêcher la classe E d'atteindre l'excellence scolaire. Face à tous ces obstacles, le groupe doit continuer à travailler ensemble afin de vaincre ses ennemis et d'atteindre son objectif : assassiner leur professeur.