La ville de Fuyuki, entourée par la mer et les montagnes, sert de cadre à un rituel ancestral. Sept maîtres se voient confier le contrôle d’esprits héroïques afin de mettre la main sur le mythique Saint Graal, qui, dit-on, exauce tous les vœux de son possesseur. Ces esprits héroïques, ou serviteurs, incarnent des héros légendaires de différentes classes : « Saber », « Lancer », « Archer », « Rider », « Caster », « Assassin » et « Berserker ». Chaque maître conclura un contrat avec le serviteur de son choix et combattra les autres jusqu’à la mort, jusqu’à ce qu’il ne reste plus qu’un seul duo… C’est la « Guerre du Saint Graal ».
La jeune et talentueuse mage Rin Tohsaka se prépare pour le début de la cinquième Guerre du Saint Graal tant attendue… Avec son serviteur Archer, Rin entre dans la Guerre du Saint Graal en tant qu’unique héritière de la prestigieuse famille Tohsaka après la mort de son père. Mais lorsque Shirou Emiya, un garçon de l’école de Rin, devient malgré lui un Maître et est mortellement blessé au combat, elle n’a d’autre choix que de le sauver. Avec Shirou et sa servante Saber, Rin se lance dans la lutte contre les complots qui entourent la Guerre du Saint Graal. Le Saint Graal bénira-t-il le chemin de Rin et Shirou vers la victoire, ou seront-ils maudits par la défaite ?
Remarques :- Comprend le prologue
.- Les premier, deuxième et dernier épisodes ont été diffusés avec une durée d'environ 48 minutes, contrairement à la durée standard de 24 minutes par épisode.