Après s'être installé dans la paisible ville de Hinamizawa, Keiichi Maebara mène une vie insouciante à l'école, passant souvent son temps à jouer à des jeux vidéo avec ses amis du quartier. Mais les apparences sont trompeuses. Un jour fatidique, Keiichi tombe par hasard sur une nouvelle concernant un meurtre qui s'est produit à Hinamizawa. À partir de ce moment, des événements horribles se déroulent sous ses yeux, et il se rend vite compte que ses amis proches ne sont peut-être pas tout à fait ce qu'ils semblent être. Basée sur le jeu d'énigmes amateur de 07th Expansion, l'histoire se déroule à travers une série de scénarios différents.