L'histoire commence dans l'Angleterre du XIXe siècle : le jeune aristocrate Jonathan Joestar se retrouve pris dans une rivalité acharnée avec Dio Brando, un garçon issu d'un milieu modeste que le père de Jonathan a pris sous son aile après la mort du père de Dio. Mécontent de sa condition sociale, Dio, animé d’une soif insatiable de domination, finit par rechercher les pouvoirs surnaturels d’un ancien masque de pierre aztèque en possession des Joestar — un artefact qui changera à jamais le destin de Dio et de Jonathan pour les générations à venir.
Cinquante ans plus tard, en 1938 à New York, Joseph Joestar, le petit-fils de Jonathan, doit reprendre la mission de son grand-père et maîtriser les capacités nécessaires pour détruire le masque de pierre et ses créateurs immensément puissants qui menacent l’existence même de l’humanité, les Pillar Men.