Nous sommes à la mi-décembre, et Haruhi Suzumiya, chef de la Brigade SOS, annonce que la Brigade va organiser une fête de Noël dans sa salle de club, avec un fondue japonaise au menu. Les membres de la Brigade, Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina et Itsuki Koizumi, se mettent à tout préparer pour la fête, notamment les déguisements et les décorations. Mais quelques jours plus tard, Kyon arrive à l'école et constate que Haruhi a disparu. De plus, Mikuru affirme ne pas avoir jamais connu Kyon, Koizumi a également disparu, et Yuki est devenue la seule membre du club de littérature. La Brigade SOS semble n'avoir jamais existé, pas plus que Haruhi Suzumiya. Personne à l'école n'a jamais entendu parler d'elle… sauf Kyon.