L'histoire se déroule dans une ville peuplée d'étudiants surhumains dotés de connaissances scientifiques de pointe, mais dans un monde où la magie est également bien réelle. La main droite de Touma Kamijou, l'Imagine Breaker, annule tous les pouvoirs magiques, psychiques ou divins, mais pas sa propre malchance. Un jour, il trouve une jeune fille accrochée à la balustrade de son balcon. Il s'avère qu'elle est une religieuse de l'Église d'Angleterre, et son esprit a été implanté avec l'Index-Librorum-Prohibitorum – tous les textes magiques que l'Église a retirés de la circulation.