2029 : Motoko Kusanagi, une agente cybernétique du gouvernement, et le Bureau des enquêtes internes sont sur les traces du « Maître des marionnettes », un virus informatique mystérieux et dangereux capable de s'infiltrer dans des hôtes humains. Avec ses collègues de la Section 9, Kusanagi se lance dans une course contre la montre à la pointe de la technologie pour capturer cette entité omniprésente.