Houtarou Oreki, un lycéen peu enthousiaste, se retrouve bien plus impliqué qu’il ne l’aurait souhaité lorsqu’il s’inscrit au Club de littérature classique à la demande de sa sœur — surtout lorsqu’il se rend compte à quel point l’histoire du club est ancrée dans le temps. À contrecœur, Oreki se retrouve entraîné dans une enquête concernant le mystère vieux de 45 ans qui entoure la salle du club.
Accompagné de ses camarades du club, le très cultivé Satoshi Fukube, la sévère mais bienveillante Mayaka Ibara et la toujours curieuse Eru Chitanda, Oreki doit lutter contre les délais et le manque d'informations en faisant preuve d'ingéniosité et en mobilisant ses talents cachés, afin de découvrir non seulement la vérité enfouie sous la poussière d'œuvres créées bien avant eux, mais aussi celle d'autres affaires parallèles.
Adapté de la série de romans légers primée Koten-bu et réalisé par Yasuhiro Takemoto (Suzumiya Haruhi no Shoushitsu), Hyouka montre que la vie quotidienne peut regorger de petits mystères, qu'il s'agisse d'une histoire familiale, d'un film étudiant ou même des fleurs fanées qui composent une histoire de fantômes.