Nichijou suit principalement les frasques quotidiennes d’un trio d’amies d’enfance — les lycéennes Mio Naganohara, Yuuko Aioi et Mai Minakami — dont les histoires ne tardent pas à s’entremêler avec celles de la jeune génie Hakase Shinonome, de Nano, son robot de service, et de Sakamoto, leur chat qui parle. Jour après jour, la vie de ces six personnages, ainsi que celle des nombreuses personnes qui les entourent, est marquée à la fois par le calme d'une vie normale et par la folie de l'absurde. Se rendre à l'école à pied, se faire mordre par un corbeau qui parle, passer du temps avec des amis et regarder le proviseur faire un suplex à un cerf : tout cela fait partie du quotidien extraordinaire des personnages de Nichijou.