La Guerre du Saint Graal se poursuit, chaque duo Maître-Serviteur jouant son coup pour s’emparer de celui qui exauce tous les vœux. Les plans de Caster se sont mis en marche, commençant par la capture de Saber tandis que Rin et Archer se séparent pour poursuivre leurs combats chacun de leur côté. Privé de l’aide de Saber, Shirou voit ses principes mis à l’épreuve ultime. Alors que de nombreux combats l’attendent contre des ennemis attendus et inattendus, la détermination de Shirou commence à prendre forme. Son désir de protéger les gens et de devenir un héros est-il sincère ? Ou s’agit-il simplement de sentiments empruntés ? Et cela suffira-t-il à le mener jusqu’au bout ?