Naota est un élève de sixième un peu à l'écart, en proie aux affres de la puberté. Alors qu'il s'amuse avec l'ex-petite amie de son frère, une fille déjantée à scooter le renverse, lui fracasse le crâne avec une guitare basse et s'installe chez lui. Cette fille aux cheveux roses, Haruko – qui prétend être une extraterrestre –, plonge Naota au cœur des manigances secrètes d'une méga-entreprise. Oh, et maintenant, des robots de combat géants jaillissent de son crâne. Ajoutez à cela une animation hallucinante et des mélodies qui résonnent dans votre cervelet pour couronner ce voyage qui vous fera craquer pour FLCL.